Le système immunitaire, bien qu'il soit très efficace, a ses défaillances et ses limites. Ainsi sa plus grande faiblesse réside dans la différenciation entre le soi et le non-soi. En effet si cette fonction essentielle est pertubée, le système immunitaire risque de se retourner contre son hôte et ainsi causer de graves symptômes qui peuvent aller jusqu'à la mort du patient. Les maladies auto-immunes sont la principale cause de cette défaillance.
Tout d’abord, les maladies auto-immunes sont un ensemble de maladies différentes par leurs symptômes, très variés, mais elles ont en commun le même mécanisme d’attaque. En effet, normalement, le système immunitaire tolère les éléments du soi (ses propres constituants), la maladie auto-immune survient alors quand cette tolérance cesse . Le système immunitaire se retourne alors contre son hôte (il devient pathogène) ce qui ne donne quasiment aucune chance au malade car son système de défense s’en prend à des éléments qui le constitue, comme si ces éléments étaient étrangers à notre corps. Le système immunitaire produit alors des anticorps contre le soi, ils sont autonomes. Il s’agit d’une sorte d’autodestruction partielle. Ce sont les lymphocytes B (producteurs d’anticorps) qui causent la destruction du corps de l’hôte ou du moins de ceux qui les commandent, soit les lymphocytes T. Il existe donc un défaut du contrôle de ces lymphocytes. C’est la base des maladies auto-immunes.